Управление образовательной организацией по вопросам организации образовательной деятельности осуществляют коллегиальные органы:
- Общее собрание трудового коллектива (Устав МКОУ Гаврилковская основная школа»)
- Педагогический совет (Устав МКОУ Гаврилковская школа )
- Управляющий совет (Устав МКОУ Гаврилковская основная школа Положение об Управляющем совете)
МКОУ Гаврилковская основная школа структурных подразделений не имеет.